漫画《拥挤的地铁》是一部以都市地铁为舞台的单元剧式漫画，每一话都讲述一节车厢里的人间百态。故事主线跟随地铁司机方大伟的视角，他每天驾驶着列车穿梭在黑暗隧道中，透过驾驶室的玻璃，观察着形形色色的乘客。这里有在末班车上偷偷哭泣的上班族、有每天都来坐一圈环线的孤独老人、有在地铁里完成作业的勤奋少年。方大伟在地铁的轰鸣声中，见证了一个个平凡人生活中的温暖、苦涩与希望，而他自己的故事，也逐渐与这些乘客交织在一起，构成了一幅动人的人间浮世绘。
方大伟迎来了职业生涯的最后一个夜班。当他驾驶着末班车驶回车库时，发现所有被他帮助过的乘客都站在站台上，举着灯牌向他道别。原来，温暖是双向奔赴的。
一位每天坐环线的老人其实患有阿尔兹海默症，他坐地铁是为了“记住回家的路”。方大伟通过车内广播，发动全线同事一起留意老人的安全，让他的家人感激不已。
一场暴雨导致地铁停运，乘客们被困在站台数小时。方大伟拿出自己的备用伞和零食分给大家，一位小女孩用糖纸折了一只小船送给他，说：“谢谢叔叔，这是你的船票。”
一个西装革履的男人在末班车上失声痛哭，方大伟破例让列车在终点站多停留了五分钟，并送给他一瓶水。男人下车时深深鞠躬，说这是他最需要温暖的一刻。
乘客在车厢里发现一只走失的柯基犬，方大伟通过广播寻找主人。全车人帮忙照看小狗，有人拿出火腿肠，有人用手机拍照发朋友圈，最终在终点站等来了急哭的主人。
方大伟第一天独立驾驶早班车，车厢内拥挤不堪，两名乘客因推搡发生激烈争吵，几乎要动手。他通过广播温和地劝阻：“大家都不容易，互相体谅一下。”一句话平息了冲突。